Entre as principais atribuições:

1. Estabelecer diretrizes gerais do Pró-Saúde.
2. Aprovar a proposta orçamentária.
3. Julgar em segunda instância administrativa recursos contra decisões do gestor.
4. Opinar sobre alterações na política do programa.
5. Autorizar alienação ou gravame de bens.
6. Acompanhar a política de investimentos.
7. Aprovar anualmente os programas de saúde e custeio.
8. Fiscalizar a aplicação da legislação.
9. Apreciar prestações de contas quadrimestrais e anuais ao TCM-GO.
10. Contratar auditoria externa, se necessário.